Alchemija Europoje aktyviausiai veikė viduramžiais ir apšvietos laikotarpiu. Viduramžiais ji iš esmės atstojo gamtamokslį, vėliau buvo labiau romantikų užsiėmimas. Tačiau iš kur kilo pati alchemijos idėja?
Alchemikai save vadino philosophy per ignem, t.y. filosofais ugnies dėka, tad yra manančių, kad alchemijos šaknų derėtų ieškoti gilioje senovėje, kai tik žmogus ar net jo protėviai pradėjo naudoti ugnį ir pamažėle perprasti jos panaudojimo galimybes. Archajinis žmogus pamatė, kad lydant metalus jų savybės kinta ir tokiu būdu jie tampa visiškai kitokios išvaizdos medžiagomis turinčiomis naujas savybes. Kartu jis pastebėjo, kad ugnies paliesti daiktai tarsi tampa tobulesni, pvz. išdegta puodynė pasidaro tvirtesnė ir panašiai. Tokiu atveju tas, kas mokėjo žiesti puodus galėjo stebėtis tuo, ką viduramžių alchemikai pavadino transmutacija. Tačiau mokantys gaminti šiuos tobulesnius daiktus ir žinantys technologinius receptus, ko gero slėpė savo žinias, norėdami patys valdyti šias slėpiningas galias. Gali būti kad per tokį ezoterinį žinių pobūdį formavosi magų ir žinių kastos.
Alchemikai, užsiimdami savo amatu, turėjo tris pagrindinius tikslus:
a) atrasti tokį cheminį-maginį-dievišką procesą, kurio metu netauriuosius metalus galima būtų paversti tauriaisiais, t.y. auksu arba bent jau sidabru. Toks procesas taptų įmanomu atradus filosofinį akmenį. Be to gaminant auksą yra svarbu ir žmogaus sielos apvalymas, tad kiekvienas alchemikas studijuodavo ir gamtos mokslus bei teologiją tam, kad geriau pažintų medžiagiškąjį ir dieviškąjį pradus daiktuose ir gyvuose organizmuose;
b) atrasti eliksyrą kuris gyvenimą pratęstų neribotam laikui, ar net dovanotų nemirtingumą, idant be galo galėtum tobulėti ir tobulinti aplinką;
c) atrasti būdą, kuriuo galima būtų išauginti dirbtinį žmogų, vadinamą homunkulu.
Tirdami gamtą, alchemikai priėjo išvados, jog ją sudaro keturi būviai: sausas, šlapias, šiltas ir šaltas. Taip pat alchemiko užduotis buvo išmokti išgauti iš daiktų vadinamąją Kvintesenciją. Toks tikėjimas kilo dėl manymo, jog visi gamtos objektai – gyvūnai, akmenys, metalai – turi dvasią, prilygstančią žmogaus dvasiai, bet ne sielai. Ta dvasia sudaro daikto ar gyvūno esmę, nes kūnas tėra indas kuriame dvasia gyvena. Tad alchemikai taip pat turėjo ir tikslą dvasią išgryninti bei išvaduoti. Kvintesencijos sąvoka alchemijai itin svarbi, nes apjungia to meto tikėjimą, jog visą gamtą sudaro keturi elementai: oras, vanduo, žemė ir ugnis, o apjungia juos kvintesencija, kuri įkūnija esminę prigimtį.
Taip pat, alchemikų manymu, gamtoje viskas turi vyrišką arba moterišką pradą, o androginiška būtis negali egzistuoti. Visa gamta yra sutverta eiti į tobulumą, tad viskas gamtoje tobulėja taip, kad galų gale gautųsi auksas, o visi kiti metalai tėra netobulo pasaulio sugeneruotas subproduktas. Taigi kiekvienas alchemikas stengėsi perprasti procesus, kurie padėtų tą tobulėjimą pagreitinti ir išgauti auksą. Čia nekalbama apie auksą tik kaip apie metalą, o turimas omenyje ir žmogaus bei gamtos šventėjimo procesas, nes tikrasis alchemikas turi būti dievobaimingas ir doras, idant jam padėtų Dievas. Versdamasis savo amatu, alchemikas turėjo būti sąžiningas, teisingas, kantrus ir dievotas žmogus.
Tai jog alchemija yra dabartinės chemijos motina, mano dauguma žmonių, tačiau ar tikrai taip yra? Iškart verta pastebėti, jog alchemija išties daug davė chemijai bei padarė nemažai atradimų, tačiau alchemija visuomet egzistavo greta chemijos. Esminis chemijos ir alchemijos skirtumas yra tas, jog alchemija mano, jog cheminis procesas vyksta ne tarp cheminių junginių, bet tarp maginių jų elementų ir savybių, o cheminiai procesai, anot alchemijos, priklauso ne tiek nuo elementų savybių, kiek nuo darančiojo valios savybių.
Štai ką mums atskleidžia chemijos istorijos analizė, pažvelgus į pačią senovę:
Yra žinoma jog jau IV tūkstantmetyje pr. Kr. egiptiečiai naudojo oksidavimą, 2800 m. pr. Kr. datuojamame dirbinyje irgi neblogai pasidarbuota chemijos pagalba. Nuo priešistorės laikų žmonės naudojo ochrą, geležies ir vario oksidus ir t.t.
Aššurbanipalo bibliotekoje rastos lentelės rodo jog senovės šumerai jau mokėjo gaminti ir apdirbti stiklą. Šumerų dirbiniuose buvo išsaugoti chemijos procedūrų atvaizdai, siekiantys III tūkstantmetį pr. Kr. Taip pat yra išlikę chemijoje naudotų indų atvaizdai, kaip kad, pavyzdžiui, filtravimo lėkštutės atvaizdas( taip pat iš III tūkstantmečio pr. Kr.) arba dalinimo indas siekiantis 1400 metus pr. Kr.
V tūkstantmetyje pr. Kr. egiptiečiai iš malachito rūdos gebėjo išskirti varį.
Tokių pavyzdžių chemijos istorijoje galima rasti daug. Esmė ta, jog chemija ir alchemija vystėsi paraleliai, nors ir turėjo kažką bendra. Taigi, chemija ir alchemija, greičiau yra ne motina ir dukra, o dvi seserys, kurios siekė skirtingų tikslų. Viena buvo naudojama materijai, kita dvasiniam tobulėjimui, taip kad tiek tikslai, tiek ir kilmė jų buvo skirtinga. Nors chemikai – kaip ir alchemikai – slėpė savo žinias, tačiau jų žinios nebuvo taip apipintos sakralumu kaip alchemikų.