Filosofinis akmuo (lot. lapis philosophorum) dar vadinamas Išminties akmeniu arba Magisterijumi, buvo didžiausia alchemikų siekiamybė. Tačiau jis turėjo ne tik to meto pasaulėvoka paremtą metafizinę, bet ir gilią simbolinę prasmę.
XIV a. Petrus Bonus teigė, jog šis akmuo yra Kristaus alegorija, o štai pseudotomistai XIII a. veikale Aurea Hora (liet. Aukso valanda) skelbė, jog filosofinio akmens paslaptys yra didingesnės ir viršesnės už visus krikščionybės slėpinius. Alcheminiuose traktatuose Filosofinis akmuo buvo žymimas kaip Uroboras (gr. ouroboros – ryjantis savo uodegą) – senovės Graikijos ir Egipto mitinė gyvatė, kuri laiko apsivijusi Žemę. Uroboras nasrais yra įsikibęs sau į uodegą – taip sudarydamas uždarą ratą, kuris savo ruožtu simbolizavo begalybę ir tobulumą, nes manyta, jog tobulesnio dalyko už apskritimą nėra. Scholastai net svarstė ar tik žmogaus siela po mirties nebus apskritimo formos, juk ji taip pat tobula. Taigi Uroboras alchemijoje simbolizavo amžiną atsinaujinimą ir atgimimą. Šis Filosofinio akmens simbolis matomai pasirinktas neatsitiktinai – juk viena iš Magisterijaus paskirčių ir yra amžinojo gyvenimo bei jaunystės eliksyro išgavimas, idant per pažinybę pasiektum tobulumą. Uroboras dažnai buvo vaizduotas kartu su Filosofiniu kiaušiniu, vienu pagrindinių elementų norint išgauti Filosofinį akmenį.
Alchemikams Magisterijus simbolizavo tobulą androginišką padarą, hermafroditą, primenantį Platono aprašytą žmogų, keturiomis rankomis ir kojomis bei dvejomis galvomis, buvusį tokiu iki jo padalijimo. Šis padaras gaunamas alcheminėje santuokoje sujungus filosofinę sierą (karalių) ir filosofinį gyvsidabrį (karalienę). Taip pat filosofinio akmens simboliu buvo ir liūtas ryjantis Saulę. Alchemikams Išminties akmuo simbolizavo galutinį visų siekių tikslą, nes jo dėka viskas, kas egzistuoja, galėtų tapti kažkuo tauresniu.